A vegyszeres termesztés során használt műtrágyák és peszticidek nemcsak a környezetre, hanem a növények tápanyagtartalmára is hatással lehetnek. A növények tápanyagfelvétele csökkenhet, mivel a talaj mikrobiális aktivitása, amely fontos szerepet játszik a tápanyagok felszívódásában, elnyomódik a kemikáliák hatására.
A vegyszeres gazdálkodás során a talaj ásványianyag-tartalma gyakran kimerül, mivel a vegyszerek hatására csökken a talajban lévő hasznos mikroorganizmusok száma. Ez eredményezheti, hogy a növények nem képesek megfelelő mennyiségű ásványi anyagot felvenni, például vasat, magnéziumot vagy cinket, ami a termések tápanyagtartalmát is csökkenti.
Vegyszeres termesztés során a növények nem feltétlenül képesek magas szintű antioxidánsok és vitaminok, mint például C- és E-vitamin, előállítására. Ezen tápanyagok termelése sok esetben összefügg a növények stresszállóságával, ami csökkenhet a vegyszerek használata miatt.
A vegyszerek hatással vannak a növények növekedésére és fejlődésére. A peszticidek és herbicidek csökkenthetik a növények természetes védelmi mechanizmusait, ami miatt a növények nem képesek a legoptimálisabb módon felvenni a szükséges tápanyagokat. Ezáltal a termések tápanyagtartalma is alacsonyabb lehet.
A biogazdálkodás, amely nem alkalmaz kemikáliákat, megőrzi a talaj természetes egyensúlyát, és hozzájárul a növények tápanyagtartalmának megőrzéséhez. A biotermesztés során alkalmazott módszerek, mint a komposztálás és a talajélet fenntartása, javítják a talaj szerkezetét és tápanyagellátottságát, ami segíti a növények egészségesebb növekedését és magasabb tápanyagtartalmú terméseik előállítását.
A vegyszeres termesztés hosszú távú hatásai nemcsak a tápanyagtartalmat érinthetik, hanem a talaj termékenységét is. A tápanyagok kimerülése és a talaj biológiai aktivitásának csökkenése révén a jövőbeli termelés is veszélybe kerülhet, ami végső soron a táplálék minőségét is befolyásolja.